Так бывает, что папка в Launchpad, вдруг, становится пустой:

Пустая папка в Launchpad

Но она должна автоматически исчезнуть. Если этого не произошло, то вам под кат. 

defaults write com.apple.dock ResetLaunchPad -bool true
killall Dock
defaults write com.apple.dock ResetLaunchPad -bool false

Для тех, кто не понял - открываем Терминал, вводим по одной строчке, нажимая Enter.